Los planteamientos surgidos en la reunión de 1992, dieron lugar a la creación de la Fundación Jardín Botánico Nacional de Viña del Mar. Los acuerdos logrados en dicha sesión se resumen en la siguiente acta:
Considerando:
- Que el país debe contar con a lo menos un Jardín Botánico destinado a la conservación de su patrimonio genético vegetacional y a la investigación relacionada con la recuperación y uso de las especies
- Que el Jardín Botánico Nacional de Viña del Mar es parte del patrimonio cultural de la V Región y en especial de la ciudad de Viña del Mar
- Que los objetivos de un Jardín Botánico se pierden dentro de la multiplicidad de objetivos que poseen las Instituciones dependientes del Ministerio de Agricultura, lo que implica al momento de la priorización de recursos, financiamiento y acciones, estar expuesto a permanentes postergaciones, y
- Que la Administración Pública se rige por normas, reglamentos y financiamientos que dificultan el accionar del Jardín Botánico y el logro de sus propios objetivos,
Se acuerda:
- Crear una nueva Institución de carácter privado, sin fines de lucro, cuyo objetivo sea la Administración y el Desarrollo del Jardín Botánico Nacional.
- Mantener en esa nueva Institución la participación del Ministerio de Agricultura, por la estrecha relación con sus funciones y en consideración a las disposiciones de la donación.
- Encomendar a la Dirección de CONAF V Región la preparación y tramitación de ésta nueva Institución.
En cumplimiento de este mandato se elaboran los estatutos, que son sometidos a la revisión de todas las instituciones nacionales y regionales involucradas, y se encomienda al Instituto de Investigaciones Agropecuaria iniciar el proceso de creación de la Fundación. Es así, que el 2 de Agosto del año 1993, por acuerdo Nº 93 - 25, el Consejo del INIA, resuelve la creación de la FUNDACION JARDIN BOTANICO NACIONAL DE VIÑA DEL MAR y aprueba sus estatutos, que son protocolizados el 16 de Septiembre de 1993.
La aprobación legal de estos estatutos y la concesión de la personalidad jurídica de la Fundación, se obtiene por el Decreto Nº 344 del Ministerio de Justicia, de 23 de Febrero de 1994. Sin embargo el inicio definitivo de la Fundación se concreta el 30 de Octubre de 1998, fecha en que se constituye el Primer Consejo de la Fundación, se nombran los Consejeros, se nomina al Secretario Técnico Ejecutivo, responsable de la Dirección y Administración de la Fundación y se le otorgan los poderes legales necesarios para administrar.
En Febrero del año 1999, la Fundación establece un convenio con CONAF, mediante el cual esa Institución le traspasa la administración, los bienes en uso y los derechos y obligaciones establecidos en el convenio de comodato entre INDAP Y CONAF, dando así inicio definitivo a su gestión.
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Fundación JBN 
